腸内細菌について大気や土の中には、無数の細菌やウイルスが存在しており、わたしたち動植物は、これらの細菌やウイルスから身を守る術を身につけています。ある者は、体毛を生やし、ある者は、粘液で体を保護しています。
人はどうでしょうか。人は、皮膚の表面を約150菌種10⁵/c㎡の数の常在菌が層を成しており、常在菌は人の皮膚内から分泌される脂質を餌として弱酸性物質を産生し、皮膚表面を弱酸性に保ちながら、細菌やウイルスの侵入を防いでいます。
一方、体内とは、消化器官を取り除いた部分と皮膚表面から内側の間が体内となります。消化器管は、口～肛門までは、一本の消化管でつながっており、ちょうど「ミミズ」と同様の構造体であるために、体外の皮膚表面と同じように消化器官の内部も細菌やウイルスに曝されます。防御方法は、酸性のpHと腸内細菌が食べ物を分解する能力の他に、宿主との共栄共存するために体内に外敵を侵入させないように頑張っています。